宗教法人は、税金を払っていないという偏見があるようですが、法人税法上、収益事業に該当するもの（駐車場や宿泊料金など）には、法人税がかかりますし、お坊さんなどに給料が支払われている場合には、源泉徴収という形で、所得税、住民税がかかります。
無給でお寺などでお勤めするという方はあまりいないかと思いますので、サラリーマン同様、個人では税金を払っていると思われます。
ただ、拝観料やお守り、おみくじ等の販売は、喜捨金（見返りを期待せずに差し出すお金）と認められる場合であれば、法人税はかかりませんので、税法上の恩恵は多大に受けているとは思います。
だからといって、拝観料やお守り、おみくじ等の収入を住職などが生活費などの私用に流用すれば、それは給与に該当するということで、源泉税（所得税）がかかるというのが税務当局の見解のようです。
国税局によると、このような流用は約７割の宗教法人で確認されており、源泉徴収漏れとして追徴課税されているとのことです。
このような源泉徴収漏れによる追徴課税は、お守りやおみくじ等の収入は、非課税という変な誤解に基づくように思います。
必ずしもすべての方が悪意があってのことではないかもしれないですが、やはり７割もの宗教法人で追徴されてしまうというのは、税金のリテラシーというか意識が低いと言わざるを得ないように思います。
税金を追徴されてしまうような宗教法人に喜捨したいとは思わないですよね。
また、宗教法人は文化庁や都道府県に役員名簿、財産目録、収支計算書などを提出することになっていますが、９割の宗教法人が提出されていないという記事が毎日新聞にでておりました。
どうやら宗教法人は法を守るという意識はかなり低いようです。（それとも所轄官庁が仕事をしていない？）
宗教法人は、節税できる法人として、法人格の売買ができるようです。（ググれば普通にでてきます）
土地と建物は売らないで、法人格だけ売りますというものもあり、法人格だけ売買できるというのは、一体どういう理屈なんだと思いますが。。。
ファンドでも、霊園や墓地のファンドもありますし、宗教法人が事業をして利益を発生させることが悪いとは全然思いませんが、大部分の宗教法人は、優遇を受けながらも、最低限の法の順守もできないというのは、いかがなものかとは思います。